En su pensamiento se conjugaban el espiritualismo krausista y la confianza del positivismo en la evolución inevitable desde la barbarie hacia la civilización. En sus trabajos buscó un enfoque nuevo y científico para el análisis de la realidad social, y en su pensamiento es constante la preocupación por conciliar el progreso material con el progreso moral de los pueblos.

Eugenio María de Hostos se desarrolló en diversas áreas del saber humano: filosofía, la pedagogía, el periodismo, la sociología, la sicología y las letras, entre otras. En todas estas áreas hizo importantes aportes. En el plano de la filosofía su corriente de pensamiento estuvo caracterizado por el positivismo :” Dadme una generación que hable de la verdad, y yo os daré una generación que haga el bien: daos madres que les enseñen científicamente a sus hijos, y ellas os darán una patria que obedezca virilmente a la razón, que realice concienzudamente la libertad, que resuelva despacio el problema capital de nuevo mundo, basando la civilización en la ciencia, en la moralidad y en el trabajo” (Hostos:43, tomado de Salomé Ureña de Henríquez (1850-1897): A cien años de un magisterio. Pág. 25

En el plano político y social sostenía que el porvenir de América estaba en la fusión de razas y que el mestizo era la esperanza del progreso. Atribuía el fracaso de España en América al olvido del indígena, a la malversación de las riquezas, a la injusta división de clases, al despotismo y a la desproporción excesiva entre ricos y pobres. Luchó por la instauración de la República en España y la liberación de los esclavos de Puerto Rico y Cuba.
Después de comprender que las promesa de independizar a Cuba y Puerto Rico hecha por sus compatriotas republicanos, no eran ciertas. Decide salir de España con rumbo a Paris.
Llega a Paris en el 1869 con el firme propósito de consagrarse en la lucha por el bien económico, político, social y, sobre todo, educativo de la América Latina. “Odisea”, según el decir de Pedreira, que lo lleva desde España a París, Nueva York, Colombia, Panamá, Perú, Chile, Argentina, Brasil, Venezuela, Saint Thomas, República Dominicana, Cuba y Puerto Rico. Esa será su meta por el resto de su vida .En esta misma época publica obras tales como: Moral social, Lecciones de derecho constitucional, Tratado de lógica, Geografía evolutiva y Tratado de sociología.

Hostos inicia en Nueva York (1870) su propaganda por la emancipación de Puerto Rico y Cuba, y por la unión y progreso latinoamericano. Se une a un grupo de cubanos revolucionarios que se proponían luchar por la independencia de Cuba. Gesta que se ve frustrada porque no se contaba con el equipamiento necesario.

Por su extraordinaria gesta, muchos de estos países lo reclaman como su hijo. La Octava Conferencia Internacional Americana de 1938, lo honró con el título de “Ciudadano de América”, con el cual lo había bautizado Antonio S. Pedreira en su biografía “Hostos, Ciudadano de América”.( citado por Gutiérrez. 1992 )

De ahí el calificativo que muchos referían de él:” Peregrino de la Libertad”, para los pueblo de América.

El mismo Hostos expresaba de su ideal:
“Estoy solo con mi idea dominante. Ella es la que me sostiene en mis postraciones, la que me empuja hacia delante, la que apaga en su fuego inextinguible mis lágrimas secretas, la que me hace superior a la soledad, a la tristeza, a la pobreza, a las calumnias, a las emulaciones, al desdén y al olvido de los míos, al rencor y a los insultos de nuestros enemigos. Ella es mi patria, mi familia, mi desposada, mi único amigo, mi único auxiliar, mi único amparo, mi fe, mi esperanza, mi amor, mi fortaleza. Ella es la que me señala en Puerto Rico mi deber; la que me indica en Cuba mi estímulo, la que me muestra la gran patria del porvenir en toda la América Latina… (Obras Completas, XIV, 7, citado por Roberto Gutiérrez )